2415. Dopo che la sua famiglia è stata sterminata, Aeon Flux, una ribelle molto ben addestrata, ha giurato vendetta contro il governo di Bregna, una città perfetta cinta da mura impenetrabili, ed è entrata a far parte del gruppo sovversivo dei Monicans. L'occasione si presenta quando le viene assegnata la missione di uccidere il dittatore Trevor Goodchild, l'uomo che controlla la città con l'aiuto del fratello Oren. Tuttavia, la missione si rivela per Aeon più difficile del previsto poiché scopre dei segreti che la costringono a rivedere le sue convinzioni sul perfetto mondo di Bregna...