Dopo le scioccanti rivelazioni emerse dai nuovi tatuaggi bioluminescenti sul corpo di Jane Doe, la Stagione Tre fa un salto avanti di due anni, nel momento in cui il collega dell’FBI e marito Kurt Weller riesce finalmente a rintracciare Jane. Insieme ritornano all’FBI dove, con gli agenti Edgar Reade, Tasha Zapata e l’esperta di tecnologia Patterson, decidono di decodificare gli ultimi sviluppi. Ma con l’imprevedibile Rich Dotcom che li assiste e il nuovo direttore dell’FBI Eleanor Hirst che introduce nuove sfide alla squadra mettendo alla prova la loro coesione, il pericoloso fratello di Jane, Roman, è ancora latitante. Weller, Jane e la squadra decidono di risolvere nuovi enigmi e fermare i temibili complotti che scoprono nei 22 episodi di Blindspot più pericolosi di sempre… visto che i tatuaggi di Jane rivelano anche i segreti più profondi della squadra.