Dopo la scomparsa di Mulder, Scully ritorna al quartier generale dell'FBI dove trova l'Agente Speciale John Doggett a coordinare una task force per ritrovare l'agente Mulder. Sapendo che una ricerca condotta in questo modo si rivelerà inutile, Scully e Skinner chiedono aiuto a Lone Gunmen (il cavaliere solitario) nella speranza di scoprire nuove informazioni su attività aliene verificatesi al momento della scomparsa di Mulder. Anche se tali informazioni conducono i due agenti a Gibson Praise, l'uomo in sua compagnia, che sembra essere Mulder, è in realtà un cacciatore di taglie alieno. Dopo essersi resi conto che Mulder non verrà ritrovato così facilmente, l'agente Doggett viene ufficialmente assegnato agli X-Files. Ora, dopo tutto quello che ha passato con Mulder, è Scully a essere la credente. E sarà lei a dover trovare il modo di lavorare con lo scettico, John Doggett.