Dopo aver scoperto di esser incinta l'agente Scully inizia la disperata ricerca di Mulder, rapito dagli alieni. Ad affiancarla un nuovo partner: John Dogget, recatisi nel deserto per scoprire dove si trovi Mulder, Scully e Dogget assistono a strani eventi che iniziano ad incrinare lo scetticismo di quest'ultimo. Dogget e Scully svolgono le indagini su di un uomo accusato di aver ucciso la moglie, ma non ha memoria dell'accaduto, Dogget e Scully investigano su una serie di morti avvenute in un piccolo paesino, legate in qualche modo ad una strana creatura, liberatasi da Dogget, Scully finisce in una sperduta comunità che idolatra un disgustoso essere: e la sua vita sarà messa gravemente a rischio. Uno strano caso per i due agenti degli X-Files: un bambino ricompare dopo essere stato rapito 10 anni prima, e non sembra essere invecchiato di un giorno, con Scully in ospedale per motivi sconosciuti, Dogget è alle prese con una serie di morti legate ad un culto segreto che avrà influssi negativi anche su di lui, Scully e Doggett sono alle prese con il caso di alcune donne fecondate dagli alieni, portando alla luce anche alcuni ricordi di Scully... Un uomo con una strana malattia è il principale sospetto in una serie di incredibili morti, un uomo fatto di metallo decide di mettere in atto una vendetta nei confronti dei suoi creatori, Dogget si imbatte in un caso che Mulder ha tenuto nascosto a Scully, e che potrebbero spiegare le misteriose circostanze che hanno portato al suo rapimento. Scully e Doggett investigano sulle morti di alcune persone che sembrano essere causate da un essere che usa i loro corpi come ospiti, ormai le ricerche per trovare Mulder sono alle battute finali: Doggett chiede l'aiuto dell'agente Reyes per capire dove possa trovarsi l'ex-partner di Scully, finalmente Scully ritrova Mulder, ma le sue condizioni sono gravi. Quando un paziente nelle sue stesse condizioni si sveglia, per Scully si riaccende la speranza... Mulder, seguito da Doggett, si reca su una piattaforma petrolifera che ha subito un strano incidente: Fox pensa che il tutto sia legato al cancro nero, Doggett, Scully, Mulder e Reyes affrontano un caso in qualche modo legato alla morte del figlio di Doggett, un Mulder ormai ristabilito si rimette all'opera, indagando sui motivi che hanno portato alla morte di un uomo che voleva parlare al presidente degli alieni, Scully e Mulder devono salvare Doggett e una giovane agente da una strana creatura, Mulder, Doggett e Skinner devono salvare Scully, ormai prossima al parto, da Billy Miles ormai trasformatosi in un alieno, Scully sta per mettere al mondo il suo bambino, e Mulder scopre che dietro alla sua gravidanza potrebbe celarsi una cospirazione aliena.