Al quartier generale dell'FBI, l'agente Scully viene convocata nell'ufficio del Vicedirettore Kersh per identificare una collezione di strani reperti simbolici. Sebbene Kersh rifiuti di discutere sui reperti, Scully è segretamente convinta che provengano da un'astronave ritrovata al largo delle coste africane due anni prima. Quando gli agenti Reyes e Doggett scoprono che i reperti provengano da una seconda astronave, Scully si convince che i simboli possano fornire la risposta circa l'esistenza di suo figlio, William. Una convinzione che viene orribilmente confermata quando William viene rapito da una setta di cultori degli UFO che crede anche in una connessione ultraterrena tra l'astronave e il ragazzo.