Dopo l'attacco terroristico nel cuore dell'arsenale della Marina, con cui si è chiuse la precedente stagione, la squadra di Gibbs si sta riorganizzando per fermare l’attentatore. Intanto Ducky, in convalescenza dopo un infarto, ritorna a Washington ed Abby continua ad essere tormentata dagli incubi nonostante l’aiuto di uno psicologo.