Bourne e Marie conducono una vita anonima e instabile. Perseguitato da incubi frammentati e da un passato che non riesce a ricordare, Bourne trascina la sua compagna da una città all’altra. Un'operazione della CIA il cui scopo è appropriarsi di documenti russi, è fatta saltare da un agente che si spaccia per Jason Bourne. Ciò porta allo scoperto la copertura del vero Bourne e di Marie. Quando l'agente segreto nemico compare nella sonnolento villaggio in cui i due vivono, l’esistenza di Bourne e Marie va in pezzi. Bourne, creato dalla Treadstone - l’organizzazione segreta che creava spietati professionisti dell’omicidio - torna in campo e vuole farla pagare a chiunque tenti di ricondurlo allo stile di vita precedente.