Il capitano Dylan Hunt e la nave Andromeda sono rimasti intrappolati sull'orizzonte degli eventi di un buco nero. Centinaia di anni dopo un vascello di mercenari giunge sul luogo in cui Hunt è in stasi da oltre tre secoli. Liberata l'Andromeda, Hunt decide di stringere un accordo con i mercenari cui spetta il merito di averlo ricondotto alla vita. Uomini e donne si trasferiscono così a bordo dell'Andromeda ed iniziano così una nuova missione. Lotteranno contro tutti i nemici comuni per restaurare la Confederazione e riportare la pace perduta tra i mondi.