Un sottomarino ipersofisticato è incaricato di mantenere la pace negli abissi, ma a bordo scoppia un conflitto tra il comandante, una donna di nome Stark, incline all'uso della forza, e il suo secondo, favorevole al dialogo, che la rimuove dal comando. I loro superiori decidono di richiamare in servizio il creatore del Seaquest, Nathan Bridger anche per sconfiggere Stark, assetata di vendetta.