Il comandante Koenig (Martin Landau) e la dottoressa Russel (Barbara Bain) tornano al comando della Base Lunare Alpha in una nuova serie di episodi ancora più fantastici ed avventurosi. A loro fianco, due nuovi protagonisti: l'affascinante aliena Maya (Catherine Schell) che, grazie alla tecnica di trasformazione molecolare è in grado di assumere le sembianze di qualsiasi essere vivente, ed il capo della sicurezza Tony Verdeschi (Tony Anholt). Con il loro aiuto, gli abitanti di Alpha dovranno affrontare le vastità del cosmo, sempre alla disperata ricerca di un mondo sul quale potersi stabilire per iniziare una nuova vita. Completamente rinnovata, la seconda stagione di Spazio 1999 presenta nuovi personaggi, nuovi set, nuovi costumi e una nuova colonna sonora, con storie più ricche di azione ed umorismo.