Sono trascorsi due anni dalla prima volta in cui Tetsuro Hoshino salì a bordo del Galaxy Express 999. Da allora la guerra tra gli esseri umani e gli uomini meccanici si è fatta più cruenta, estendendosi a tutti i sistemi stellari. La Terra è ormai un unico grande campo di battaglia, e gli uomini meccanici, forti nel numero e nella resistenza fisica, hanno fatto ormai perdere ogni speranza di vittoria per i pochi coraggiosi combattenti terrestri. Si narra, inoltre, che la regina Andromeda Promesium sia tornata in vita. Ma un giorno Tetsuro riceve un messaggio da Maetel, che lo invita ad un nuovo viaggio sul 999.