In un futuro fantascientifico il Passato, il Presente e il Futuro sono problemi molto sentiti dalla popolazione terrestre. Per gli uomini è infatti possibile scegliere la vita eterna, poiché un corpo meccanico elimina ogni tipo di problema di salute o sostentamento. Sulla Terra si formano così due caste, e un viaggio sul Galaxy Express 999 è visto dai più poveri come l’unica possibilità di trovare nell’universo un pianeta dove poter ottenere un corpo meccanico. Questo è lo scenario, comune alla serie televisiva, in cui hanno inizio le avventure di Tetsuro, dal suo incontro con la misteriosa Metel al suo arrivo al capolinea del Galaxy Express. Durante questo viaggio lunghissimo, il ragazzo incontrerà grandi pericoli e nuovi amici, e tutte le esperienze che accumulerà lo porteranno a rivedere le sue decisioni in merito alla possibilità di diventare un essere meccanico. Allo stesso tempo, riuscendo a vendicarsi del Conte Meccanico, l’assassino della madre, il ragazzo comprenderà che restare un essere umano non rende più deboli degli uomini meccanici.