Quando alcuni cuccioli vengono rapiti da alcuni avidi bracconieri, Pips, Crysta, le creature magiche della foresta di Ferngully, i Beetle Boys e l’impavido e stravagante Batty si impegnano nella ricerca e nel salvataggio dei loro piccoli amici. Aiutati da due umani dal cuore d’oro, i piccoli eroi rischiano tutto e per tutto in una missione finale rischiosissima, fino a una resa dei conti magica.