Ethan Burke è un agente dello United States Secret Service che, durante la ricerca di due agenti federali scomparsi, tra cui Kate Hewson, alla quale è molto legato, si imbatte nella misteriosa cittadina di Wayward Pines, nell'Idaho. Quella che sembra una tipica felice piccola città americana, è popolata da personaggi imperscrutabili e sembra non dare la possibilità di andarsene a chi vi si ritrovi. A Wayward Pines, Burke è subito vittima di un enigmatico incidente stradale, dopo il quale si ritrova ricoverato presso l'ospedale della città, dove la sua sanità mentale è messa in discussione. Nel frattempo, la moglie e il figlio, preoccupati dal non avere notizie convincenti su Ethan, si mettono sulle sue tracce.