Ambientata cinque anni dopo gli eventi della prima serie, ritroviamo un Ben ormai quindicenne divenuto un ragazzo normale dopo aver trovato il modo di separarsi dall'Omnitrix. Tuttavia l'arrivo di un membro della polizia galattica e l'invasione di una specie di alieni sconosciuta porterà Ben a rimettere al polso l'Omnitrix, ricalibrato con un nuovo set di alieni, e combattere la minaccia misteriosa alla ricerca di suo nonno Max, partito per una missione segreta, e aiutato da sua cugina Gwen, sempre più esperta nelle arti magiche, e dalla sua ex-nemesi, Kevin E. Levin, tornato alla forma umana con gli anni e divenuto un cacciatore di tecnologia aliena. Nuovi alieni, intrighi extraplanetari, storie sentimentali e molti, molti combattimenti accompagneranno le avventure di questo trio pronto al combattimento contro i temibili invasori.