Dopo essere stato bandito nel tempo per quarant’anni dai Maestri Elementali, a Ninjago fa il suo ritorno uno dei due gemelli Maestri del Tempo, Acronix. Atterra sul monastero del Maestro Wu, con cui combatte facendolo cadere dal monte. Nel frattempo i ninja stanno aiutando il Dottor Saunders a riordinare il Museo, ignorando però che il Dottore non è altro che Krux, il secondo gemello del Tempo. Kai nota un quadro che raffigura la lotta tra i Maestri Elementali e i Maestri del Tempo, i quali si erano ribellati. Wu e Garmadon avevano però bandito Acronix nel tempo, ma ora che è tornato può ricongiungersi con Krux e i due potranno cambiare il Tempo e regnare su Ninjago. Kai e Nya scopriranno il passato dei loro genitori, Maestri del Fuoco e dell’Acqua imprigionati dai gemelli del Tempo e dal loro esercito di Vermillion. I gemelli del Tempo bandiranno Wu nel tempo, ma Kai e Nya riusciranno a fermarli. A seguito della perdita di Wu, Lloyd diventerà il nuovo Maestro.