La Stagione due inizia in maniera esplosiva con delle scioccanti rivelazioni riguardo la vera identità di Jane Doe e i suoi legami con la oscura organizzazione terroristica Sandstorm. Quando Jane riesce ad evadere dalla custodia della CIA, viene ricatturata dalla squadra FBI di Weller, che la convince a diventare un agente sotto copertura. Nas Kamal - capo di una divisione segreta dell’NSA – si unisce a Weller, Patterson, Reade e Zapata per aiutarli a sconfiggere la Sandstorm, a cui ora si sono affiliati Roman e Sheperd. Con minacce esplosive che arrivano da ogni lato, risolvere l’enigma dei criptici indizi di Jane è ora più importante che mai. Ma vari tradimenti minacciano di separare Jane e la squadra per sempre. I 22 frenetici episodi pieni di suspense ci aiuteranno a decifrare la mappa del tesoro tatuata sul corpo di Jane... prima che vengano perse altre vite innocenti!