I ragazzi più amati dai bimbi d’Italia tornano al cinema con il loro terzo film! É un giorno speciale per Luì, che finalmente sta per ricevere il diploma da scienziato, e come sempre Sofì è lì al suo fianco a sostenerlo e a dargli coraggio. All’evento non può poi di certo mancare Pongo, il loro amico di sempre. Ancora una volta però, il Signor S e la fedele Perfidia, cercheranno di insidiare i Me Contro Te ma Sofì, con i suoi poteri di fata, e Luì, con la migliore tecnologia degna di un vero scienziato, daranno del filo da torcere ai loro nemici. Qualcosa va storto però e la magia catapulterà tutti in luoghi ed epoche lontane... persi nel tempo!