Cinque anni dopo gli eventi occorsi nella prima serie, l'ormai quindicenne Ben Tennyson è tornato ad avere la normale vita di tutti i giorni. Finiti i suoi giorni da eroe, Ben si è tolto l'Omnitrix e dall'essere un bambino è passato presto a comportarsi come un ragazzo sicuro di sè. Ma la misteriosa scomparsa di nonno Max lo spinge ad indossare ancora una volta l'Omnitrix, così come costringe Ben, Gwen ed un Kevin Levin completamente riformato a cercare di localizzarlo. Ma non è questo l'unico obiettivo della squadra appena formata: dovranno cercare l'aiuto dei figli dei Risolutori (una forza interplanetaria, desiderosa di mantenere la pace nell'universo, con membri sia umani che alieni) ed allo stesso tempo respingere gli attacchi da parte di una nuova minaccia, i Supremi.