Doraemon, Nobita e i suoi amici (Shizuka, Gian e Suneo) decidono di vivere un'avventura nel Mar dei Caraibi, seguendo le orme dei pirati. Nobita corona così il suo sogno di diventare capitano di una nave, e di giungere alla leggendaria Isola del tesoro. Tuttavia il gruppo dovrà superare vari inconvenienti, fra cui il rapimento di Shizuka e una violenta tempesta.