La stagione 18 inizia con un evento scioccante che prepara la squadra ad un anno diverso da tutti gli altri. Ritroviamo Gibbs in una missione segreta, risolvendo così il mistero della sua scomparsa nella scorsa stagione. Nel frattempo, le minacce globali non si fermano mai, e il resto della squadra si ritrova ad affrontare nuovi pericoli. Nello storico 400° episodio, ci immergiamo nel primo giorno di Gibbs all'NCIS con il suo futuro collega Ducky...il resto è storia.