Brisby, una topolina vedova con numerosa famiglia di topolini di campagna, abitanti nel sottosuolo di un terreno agricolo, si trova in gravi difficoltà, perché il proprietario dei campi ha deciso di far arare a fondo il terreno, per l'approssimarsi della primavera. Il trasloco è reso più arduo dal fatto che il topolino Timothy è molto malato e non si può trasportare. In un primo momento Brisby, con l'aiuto di una vicina coraggiosa, riesce a bloccare il trattore. Ma la malattia di Timothy si prolunga, ed è indispensabile trasportare altrove la casa dei topolini. Consigliata dall'estroso corvo Jeremy e accompagnata da lui, Brisby si reca a far visita al grande Gufo, che la introduce nel regno dei ratti di Nimh, un laboratorio sperimentale, che li ha trasformati in esseri intelligenti, e da cui sono fuggiti grazie agli accorgimenti di Jonathan, il defunto marito di Brisby, di cui la topolina ignorava le gesta. I ratti di Nimh riescono a salvare dall'aratro la casa dei topolini e a trasportarla al sicuro.