Scully si ritrova insegnante all'accademia dell'FBI mentre Mulder rivisita criticamente la sua ricerca della verità e addirittura i suoi ricordi sul rapimento della sorella. Ma la scomparsa di Scully, le verità scioccanti sulle circostanze dell'improvvisa ricomparsa della sorella e il coinvolgimento di suo padre in un progetto segreto del governo tengono Mulder in movimento, e lo portano fino al deserto del Nuovo Messico dove scopre quello che potrebbe essere il segreto più orribile e più gelosamente custodito del governo.