Mentre Scully continua le sue ricerche in Africa, Mulder è imprigionato dalla sua stessa attività celebrale che potrebbe essere causata da qualcosa di alieno, aiutata da Michael Kritschgau Scully deve salvare Mulder, che nel frattempo sogna una vita lontana dagli X-Files e dalle cospirazioni che lo coinvolgono. Gli agenti affrontano un caso che coinvolge un mostro che ha necessità di cervelli umani, Mulder e Scully chiedono l'aiuto del criminologo Frank Black per impedire che i membri del gruppo Millinium scatenino l'Apocalisse, un liceale uccide sfruttando una incredibile abilità: può muoversi talmente veloce da non esser visto dall'occhio umano, gli agenti si imbattono in un uomo incredibilmente fortunato, specializzato nel costruire dei marchingegni molto particolari, Scully deve guardarsi da un vecchio incubo: il maniaco Donnie Pfaster è di nuovo libero e l'unico suo obiettivo è uccidere proprio lei, un mago di poco conto muore dopo aver stupito il pubblico girando la sua testa di 360 gradi. Mulder e Scully pensano però che l'uomo sia stato ucciso, dei serpenti stanno uccidendo i peccatori, ma Mulder e Scully sono convinti che non ci sia nulla di divino nella vicenda, quando una bambina viene rapita da un maniaco, Mulder ritrova inaspettatamente la speranza di scoprire cosa sia successo a sua sorella. Continuando le indagini sulla sorella, Mulder riesce finalmente a trovare le risposte che cercava, le telecamere di un programma televisivo sulla polizia seguono una nottata di indagini di Mulder e Scully, all'interno di un gioco virtuale viene commesso un omicidio, e una volta coinvolti nelle indagini anche Mulder e Scully rischieranno la morte, quando la famiglia di un dottore viene minacciata, l'unico possibile sospetto è un uomo che sembra conoscere la magia nera, l'uomo che fuma offre a Scully di rivelarle la cura per il cancro se lo seguirà in un viaggio celando la verità a Mulder, mentre Mulder deve indagare su un misterioso corvo e scopre i piaceri di una vita domestica, Scully è impegnata in un tedioso appostamento. Un fortuito incontro con un uomo del proprio passato, Scully inizia a riflettere sulle sue scelte nel lavoro e in amore, un informatore è in grado di fornire gli elementi di prova sull'ultimo ritrovato mortale sviluppato dalle industrie del tabacco. Gli X-Files diventano un film, ma Mulder e Scully scoprono che le loro indagini e loro stessi sono stati alquanto distorti da Hollywood..., gli agenti hanno a che fare con la distruzione causata dalla vicinanza di un uomo e una donna, Mulder scopre un bizzarro genio della lampada, che esaudendo i desideri provoca più disgrazie che eventi positivi! Mulder e Scully tornano nel luogo della loro prima indagine, e gli eventi che accadranno lì potranno porre termine alla loro ricerca della verità