Molte cose sono cambiate negli uffici degli X-Files, la sezione speciale dell'FBI dedicata alle indagini sul paranormale. Per anni sono stati Fox Mulder e Dana Scully gli agenti incaricati di seguire questi casi, ma ormai entrambi non si occupano più di queste mansioni. Dopo gli avvenimenti dell'annata precedente, con Mulder rapito per lungo tempo dagli alieni e Scully che ha dato alla luce il suo bambino, sono due nuovi agenti a portare avanti le indagini: John Doggett e Monica Reyes. Scully è docente a Quantico, ma partecipa attivamente al lavoro dei "successori", mentre Mulder è dovuto fuggire dai suoi nemici. Doggett e la Reyes raccolgono quindi l'eredità dei due protagonisti, occupandosi di casi misteriosi e apparentemente inspiegabili.
Nona e ultima stagione del telefilm cult creato da Chris Carter, da qualche anno ormai in parabola discendente a causa dell'eccessiva concentrazione degli episodi sulla cosiddetta "mitologia", vale a dire la lunga trama relativa alla cospirazione sugli alieni che l'agente Mulder ha inseguito per anni; e all'allontanamento definitivo di David Duchovny dal telefilm che ha costretto la serie ad una sorta di rivoluzione con l'inserimento di nuovi personaggi. Questi ultimi venti capitoli offrono saltuariamente delle buone trame, un'eccellente livello tecnico nella realizzazione ed il gran finale (dove ritorna anche Duchovny assieme ad altri personaggi importanti scomparsi nel corso degli anni) che lascia però ancora molti punti in sospeso e uno spiraglio a qualche sequel cinematografico.