In un futuro non troppo lontano gli X-Men, un'intera generazione di mutanti, possiedono incredibili super poteri, frutto di una straordinaria mutazione genetica. Sono già molti ma non tutti escono allo scoperto, temendo le conseguenze di quello che sono, poichè la cosidetta gente comune li odia e li discrimina.. Non più lotta fratricida tra mutanti, questa volta la minaccia arriva dalla presidenza degli Stati Uniti. Dopo essere scampato ad un attentato commesso da un mutante il presidente degli USA avvia una richiesta di censimento di mutanti e alla guida del "movimento di controllo e repressione" c'è William Stryker, ex militare ed ex scienziato. Per poter fronteggiare questa nuova minacci gli X-Men dovranno allearsi con il loro nemico di sempre Magneto..