Al termine della seconda stagione Michael era stato condotto al carcere di Sona e con lui Mahone, Bellick e T-Bag. Questo carcere di Panama è autogestito, in seguito ad una rivolta, dai detenuti, i più pericolosi che gli altri carceri hanno rifiutato. Il capo fra tutti è Lechero, arrestato per essere un trafficante di droga, che vive insieme a un gruppo di stretti collaboratori nella sua ''cella suite'', con tanto di telefono per comunicare con le guardie all'esterno. Bellick spaesato si aggira per il carcere in mutande, poiché denudato già il primo giorno da altri detenuti e si ritrova casualmente nei sotterranei dove un uomo, che non si fa vedere, gli consegna dei biglietti da mettere nelle tasche dei morti, in modo da poter comunicare all'esterno. Lincoln intanto cerca di portar via il fratello da Sona per vie legali, in quanto Michael è innocente. I due però hanno una sorpresa: L.J. e Sara sono stati presi in ostaggio da una misteriosa donna, di nome Susan B., che lavora per una strana Compagnia. Lei, in cambio delle vite dei due, vuole James Whistler, un detenuto di Sona. Michael infatti è stato incastrato: la Compagnia ha fatto in modo che finisse a Sona in modo che si potesse preparare un evasione per Whistler.