Ambientata in un futuro non lontano dai giorni nostri, Stargate Infinity narra la storia di un gruppo di giovani reclute capitanate da uno dei veterani membri del commando Stargate che vengono incastrati a causa di un crimine che in realtà non hanno commesso. Il gruppo dovrà viaggiare attraverso i mondi cercando un modo per legittimare i loro nomi, proteggendo nel frattempo una strana creatura aliena, rinvenuta nel primo episodio, che credono conosca il segreto riguardante i misteriosi Stargate e riguardo l’Antica razza che li ha fatti erigere…