Il colonnello Mitchell (Ben Browder) e il colonnello Carter (Amanda Tapping), tornano sulla terra dopo aver assistito all'esecuzione dell'ultimo capo Goa’uld, ma scoprono che la loro intera linea temporale è stata alterata. Oltre al fatto che il programma Stargate non è mai esistito, scoprono che Daniel (Michael Shanks), è ancora considerato uno scienziato pazzo che porta avanti la teoria delle piramidi come siti di atterraggio alieni. Ma, peggio ancora, Carter è morta in un incidente con uno shuttle e Mitchell non è mai esistito. E quel mondo sembra non avere nessuna intenzione di ritornare alla linea temporale originale...