I Commando Elite, un gruppo di soldati giocattolo, hanno come acerrimi nemici i Gorgoniti. Senza saperlo, gli abitanti di Winslow Corners, cittadina dell'Ohio, si ritrovano ad essere alleati dei Commando. I Gorgoniti, da parte loro, desiderano solo nascondersi il tempo necessario per ritrovare la loro patria, l'isola di Gorgon. Nel Commando Elite, che non accetta compromessi né fa prigionieri, ci sono l'ufficiale Chip Hazard, il granatiere Butch Meathook, l'esperto di operazioni mimetiche Kip Killagin, l'artigliere Brick Bazooka, l'addetto alle comunicazioni Link Static e l'esperto di esplosivi Nick Nitro. Tra i Gorgoniti ci sono il leader Archer, il mutante Freakenstein, il tiratore di fionda Scratch-It, l'esperto manipolatore di catene Insaniac e altri. A scatenare la guerra nel cortile di casa è il 15enne Alan, appassionato di soldatini e portato d'istinto a schierarsi con i Gorgonauti. Dopo un po', Alan riesce a coinvolgere nell'azione anche Christy, figlia dei vicini di casa, che finisce per diventare un'eroina.Dopo aspri combattimenti, i Commando assaltano la casa di Alan. Ma il ragazzo li fa entrare nel fascio della corrente elettrica, e tutti si rompono. Ora la barca con i Gorgonauti può partite alla ricerca di Gorgon.