Il giovane architetto Shimizu scopre, in una caverna dell'isola di Okinawa, uno strano dipinto murale e la statua di un leone soprannominato Re Seeser. L'improvvisa apparizione di Godzilla dal monte Fuji semina rovina e terrore fino a che non lo contrasta un altro Godzilla. Questi fatti ed altre scoperte, come quella di titanio spaziale in una delle caverne di Okinawa,rendono edotti gli scienziati e le autorità della presenza di occupanti venuti dallo spazio e vogliosi di distruggere l'umanità per mezzo di Mechagodzilla, un sosia meccanico del mostro amico degli uomini, guidato elettronicamente. Guastatosi il terribile robot, gli spaziali costringono il prof. Masahiko a rimetterlo in sesto. Ma lo stesso professore, sua figlia e l'agente dell'Interpol Nanbara penetrano nella base degli invasori e manomettono i cervelli elettronici proprio in tempo per permettere a Godzilla e al risuscitato re Seeser di distruggere il Mechagodzilla.