Tokyo viene sconvolta da una serie di attentati compiuti da due misteriosi ragazzi che si fanno chiamare Nine e Twelve, membri del gruppo “Sphinx”. Le loro azioni non mirano al caos, ma a svelare un segreto di Stato legato al loro passato in un istituto governativo. Il detective Shibazaki, brillante ma emarginato, inizia a decifrare gli enigmi lasciati dai due, mentre la fragile Lisa viene trascinata nel loro mondo.