New York. Alex il Leone, Marty la Zebra, Melman la Giraffa e Gloria l'Ippopotamo vivono un'esistenza tranquilla nello zoo di Central Park, con i pasti abbondanti, le gabbie confortevoli e le coccole dei visitatori. Tuttavia, Marty è annoiato dalla vita in cattività ed è curioso di sapere cosa c'è al di là del muro di cinta, così decide di fuggire approfittando del sistema di evasione dal parco studiato da alcuni pinguini desiderosi di raggiungere l'Antartide. Alex, Melman e Gloria, accortisi della scomparsa del loro amico decidono di andarlo a cercare per riportarlo indietro. L'apparizione degli animali liberi per le strade della città, provoca scompiglio ma suscita anche l'interesse di un gruppo di animalisti che decide di sostenere una campagna per i loro diritti. I quattro amici vengono così imbarcati su una nave diretta in Africa. Purtroppo, a bordo ci sono anche i pinguini che, rendendosi conto che la destinazione non è l'Antartide, decidono di sabotare la rotta dell'imbarcazione, provocando un disastro. Alex, Marty, Melman e Gloria, scaraventati dalle onde, si ritrovano sull'isola esotica di Madagascar, costretti a fare i conti con una vita ben lontana da quella agiata e spensierata che conducevano a New York... Il paese di Tottington è in fermento per la fiera dell'ortaggio gigante e sono giorni davvero frenetici per la "S.W.A.T. Antipesto", la squadra per la difesa di zucchine, carote e patate dall'invasione di famelici coniglietti. L'inventore Wallace e il suo fedele cane Gromit sono infatti chiamati a disinfestare la residenza di Lady Tottington, dove avrà luogo la fiera, che ha subito una vera e propria invasione da parte degli insaziabili animaletti. Per risolvere il problema, Wallace inventa un apparecchio molto simile ad un aspirapolvere da infilare nel terreno per risucchiare uno dopo l'altro tutti i piccoli roditori. Tuttavia, una volta catturati, sorge il problema di cosa farne. A suggerire la risposta è Gromit: "Un corso di riabilitazione", un lavaggio del cervello che restituisca al mondo i conigli privati dalla passione per gli ortaggi. Wallace accetta la proposta e inizia la terapia grazie ad una macchina che collega, per mezzo di elettrodi, il suo cervello a quello degli animali. Purtroppo, durante l'operazione gli ingranaggi si inceppano e un coniglietto resta aggrappato alla testa di Wallace: nasce così il primo "coniglio mannaro"...