Maxwell Smart è un eccellente analista al servizio della Control, un'agenzia segreta di spionaggio USA. Smart è impaziente di lasciare la scrivania per diventare un agente operativo con un numero per nome. L'occasione si presenta quando il quartier generale dell’agenzia viene messo sotto assedio da un'organizzazione criminale (KAOS) e l'identità dei suoi agenti compromessa. Servono volti nuovi a cui affidare una pericolosa missione: stanare i membri di KAOS e rendere inoffensivi i loro attacchi terroristici. Smart viene iniziato sul campo dall'incantevole agente 99, che ha preservato l'identità e la vita con una plastica facciale.
L'esperienza e il fascino letale di 99, congiunti all'inesauribile entusiasmo di 86, alias Smart, avranno la meglio su bombe, attentati e complotti.