In uno scavo a Gerusalemme, Sharon, giovane archeologa israeliana, trova la tomba di un ricco con i resti di un uomo crocifisso intorno al 33 d.C. Insinuatosi il sospetto che si tratti del corpo di Gesù, le autorità israeliane cercano una conferma dal domenicano padre Lavelle, a sua volta archeologo, il quale ha una forte crisi di fronte all'eventualità che si tratti del corpo di Gesù. Il Vaticano invia sul posto padre Matt Gutierrez, gesuita con un passato nei servizi segreti sudamericani, con il compito di fare chiarezza nella vicenda. La caccia alla verità è complicata dal fatto che Palestinesi e Israeliani cercano di trarre reciproci vantaggi dalla sensazionale scoperta. Il capo dei servizi segreti israeliani, Moshé, aiuta padre Matt ma insieme tiene sotto pressione il Vaticano e si intende con un alto prelato. Quando, dopo analisi e riscontri, sembra che si tratti proprio del corpo di Gesù, padre Matt lo riferisce a padre Lavelle che, in preda al delirio, si suicida. Intanto un terrorista palestinese rapisce i figli dell'archeologa per farsi i preziosi resti. Dopo ulteriori indagini però, padre Matt si convince che quello non è il corpo di Gesù, e poco dopo, un'esplosione programmata d'intesa tra l'israeliano e l'alto prelato fa saltare in aria tutta la tomba. Viene allora allo scoperto un'iscrizione che rivela non trattarsi del corpo di Gesù. Finito tutto, padre Matt prende le distanze dal prelato e resta solo in preghiera vicino a San Pietro, ricordando l'amicizia con Sharon.