13 dicembre 2065, gli alieni hanno invaso la Terra. Le grandi città si sono trasformate in deserti e i pochi esseri umani rimasti devono trovare il modo per sopravvivere all'invasione e riprendersi il pianeta. Due umani, la dott.ssa Aki Ross e il dott. Sid, stanno lavorando ad una soluzione. Partendo dalla propria teoria, secondo la quale ogni essere vivente ha in sé onde spirituali che possono essere controllate, e avendo notato che gli alieni si nutrono degli spiriti dei morti, Aki e Sid cercano di raccogliere una serie di esemplari organici i cui spiriti, messi insieme, dovrebbero formare un'onda di intensità uguale e contraria a quella degli alieni. Raccolti sei degli otto spiriti necessari per creare l'onda, si stanno cercando gli altri due, prima che sia troppo tardi. Aki può contare sull'aiuto del coraggioso capitano Gray e del suo gruppo chiamato 'deep eyes'. Questo drappello si avventura nei territori devastati dal morbo alieno, fino ad arrivare nel cuore del territorio nemico: la zona in cui si è schiantato il meteorite che ha dato il via libera agli alieni. Nel frattempo il generale Hein propone di usare il 'Cannone Zeus', una potente arma spaziale altamente distruttiva, per bombardare l'energia vitale e tenere a distanza gli alieni. Aki e Sid si oppongono alla proposta, ma Hein, desideroso di vendetta per aver perso moglie e figli durante l'invasione, decide di andare avanti. Aki tuttavia ha finalmente dato una spiegazione ai sogni che fa da tempo: gli alieni non sono un esercito invasore, sono fantasmi che vorrebbero diventare umani. Prima dell'ultimo assalto, Aki e Gray si baciano. Quindi Gray difende la ragazza dall'estremo agguato dei Phantom, e muore. Quando tutto si calma, torna anche il sereno. Aki ha Gray tra le braccia. Sopra di loro vola l'uccello che va verso il libero cielo.