In un futuro popolato da esseri umani e cyborg, e con una rete informatica sempre più importante e invadente, i terroristi non si limitano ad azioni ordinarie ma colpiscono anche nel mondo virtuale. Per contrastare questo nuovo tipo di crimine è nata la sezione 9, Pubblica Sicurezza, un gruppo di agenti speciali comandati da Daisuke Aramaki e guidati sul campo dal Maggiore Makoto Kusanagi!