Incitata dalla reporter d'assalto Heather Jasper-Howe e dagli spaventatissimi cittadini di Coolsville, la Misteri e Affini inizia ad indagare sulla misteriosa comparsa di mostri in città. Shaggy e Scooby, determinati a provare la loro natura di provetti detective, combinano una serie di pasticci nella ricerca di indizi e sono costretti a mettere in discussione il loro ruolo nella Misteri e Affini. Nel frattempo Velma la colta si prende una cotta per uno degli indiziati principali, tocca quindi al macho Fred e alla bellona Dafne scoprire l'identità del cattivo mascherato che scatena mostri nel tentativo di sottomettere Coolsville.