Esistono due realtà: una è rappresentata dall'esistenza che conduciamo ogni giorno, l'altra è nascosta e non accessibile a tutti. Neo vuole disperatamente scoprire la verità su "Matrix", mondo virtuale elaborato al computer creato per tenere sotto controllo le persone. Neo crede che l'unico uomo in grado di rispondere a questa domanda sia Morpheus, personaggio sfuggente considerato l'essere vivente più pericoloso che esista. Una notte, in un locale, Neo viene avvicinato da Trinity, una bella straniera che lo conduce in un altro mondo sotterraneo e gli fa conoscere Morpheus. Questi conduce Neo alla presenza dell'Oracolo, una donna cui è affidato il compito di scegliere l'eletto. L'Oracolo gli dice che a salvarsi sarà lui o Morpheus. Il malefico Cyfer consegna Morpheus alla polizia, e Neo allora cerca di salvarlo, rientrando in Matrix. Dopo una sparatoria, Morpheus viene ferito, ma Neo lo trascina via e insieme scappano in elicottero. Neo è l'eletto. Mentre si avvia all'uscita di Matrix, un poliziotto gli spara e lo uccide. Trinity, accorsa sul posto, dice che lo ama. Neo risorge, Trinity e Neo si baciano. In un mondo dove tutto è possibile, quello che accadrà dopo dipenderà da voi e da loro. Lasciato ormai alle spalle il difficile periodo della sua iniziazione, Neo (l'Eletto) ora controlla alla perfezione i suoi poteri e continua ad entrare ed uscire da Matrix, insieme a Trinity, per combattere contro le forze della repressione. Nonostante il loro impegno, tuttavia, Zion (l'ultima roccaforte umana sulla terra) è assediata da un esercito di oltre 250.000 sentinelle pronte a dare l'assalto finale al genere umano. A dispetto del pericolo, i cittadini di Zion sono fiduciosi: credono infatti nelle parole di Morpheus e di Trinity che l'Eletto adempierà alla profezia dell'Oracolo, bloccherà le macchine e porrà fine alla guerra. Neo, intanto, è preda di sconvolgenti visioni. Mentre Trinity veglia Neo ancora in coma, Morpheus sta cercando di adattarsi alla realtà che l'Uno su cui aveva fondato le sue speranze di una nuova rinascita è, in realtà, un altro sistema di controllo ideato dagli architetti di Matrix. Intanto l'esercito di Zion, aiutato da valorosi volontari come Zee e Kid, combatte per ritardare l'avanzata delle sentinelle e delle macchine. A fiaccare la resistenza dei combattenti anche il fatto che l'agente Smith è divenuto potentente al punto tale da voler distruggere insieme le macchine e il mondo reale. Con l'aiuto di Niobe, Neo e Trinity decidono di sfidare il nemico nel loro cuore dove nessuno si era mai avventurato, la Città delle Macchine.