Anno 2029. Il maggiore Motoso Kusanagi è un cyborg della Sezione 9, unità speciale per la sicurezza interna alle dirette dipendenze del governo. Insieme ai suoi colleghi è impegnata nella caccia a un misterioso e abilissimo hacker in grado di infettare con un virus informatico cervelli delle persone trasformandole in marionette sotto il suo controllo.