L'abilissimo pistolero, soprannominato 'El Topo' giunge in uno sperduto villaggio nel deserto in compagnia del giovanissimo figlio, trovandovi i cadaveri lasciati da una banda di fuorilegge. Fra i superstiti incontra una donna, mara, che lo conduce in una missione di monaci dove dovrà prepararsi a sconfiggere i terribili quattro maestri. El Topo lascia il figlio presso i religiosi e parte in compagnia di mara e di una misteriosa donna in nero; ferito e abbandonato, viene raccolto da alcuni esseri deformi che abitano in profonde caverne...